APEX 模型有气象、水文、水蚀、养分、土温、作物生长、耕作、作物环境管理以及经济等9个模块。模型对日径流量的估算采用改进后的SCS径流曲线数法，原始SCS模型中提供的是坡度大约为5%的径流曲线数，修改后的径流曲线数可用于其他坡度，同时每天的径流曲线数都根据土壤水分含量及其分布而调整。对水蚀的模拟采用MUST方程，它是由MUSLE改进而来的，与USLE最大的区别是MUST用径流量和洪峰速率作为侵蚀力指示器来模拟土壤侵蚀产沙，这样做不但有利于增加预测精度，避免了使用输沙率，而且还可用于单词暴雨的产沙估算。