该项目共设六个课题，第一课题是西北内陆区水资源安全状况与风险评估，由中国水利水电科学研究院承担；第二课题是变化环境下西北内陆区多尺度水循环过程与系统模拟，由西北大学承担；第三课题是多水源开发利用关键技术试验与示范，由清华大学承担；第四课题是西北内陆区保水节水技术集成与应用，由石河子大学承担；第五课题是荒漠绿洲生态保护的水资源调控关键技术集成示范，由中科院西北研究院承担；第六课题是西北内陆区水资源多维协同配置与安全保障体系，由黄河勘测规划设计有限公司承担。