MODFLOW是三维有限差分地下水模型，它使用模块化结构，使得它可以很容易的修改，以适应特定的应用程序代码。MODFLOW-2000模拟不规则水流系统中的稳定的与非稳定的水流，蓄水层可以密闭或者不密闭，或者是两者的组合，在外部压力下流动，比如流向井中，面补给，蒸发量，流向排水渠，通过河床流动，这些都可以模拟。除了模拟地下水流，还扩展了一些相关功能，例如泥沙运输等。
HydroGeoSphere 模型是由water-loo大学、Laval大学及Hydrogeologic公司联合研制开发，能够对地下水与地表水的水流及其溶质运移过程进行三维全耦合模拟的模型。该模型对地下水与地表水有两种耦合方式：普通节点方式是假设地表与地下水体之间保持水头的瞬间一致性，在模型的耦合过程中不对地表与地下水体之间的水量交换进行计算；双重节点方式没有假设两个系统间的水头连续性，而是通过达西流关系来描述地表与地下水体之间的水流交换。
N3DADE 模型用来评估三维非平衡多孔介质中的溶质运移。
